Publicações científicas
Investigação de bacteriófagos
A Proteon Pharmaceuticals está empenhada em promover a inovação na investigação de bacteriófagos. As nossas publicações científicas contribuem para a compreensão global das aplicações de fagos em microbiologia, saúde animal e resistência antimicrobiana.
Fazer avançar a ciência
Publicações e impacto da nossa investigação
2025
Background: Colibacillosis is an important epidemiological and economic issue in poultry farming and breeding. A common problem with avian pathogenic Escherichia coli strains (APEC) that cause this disease is a lack of an uniform identification system, resulting from a variety of serotypes, phylogenetic groups, sequence types and combinations of virulence factors. There are no clearly defined features that can be associated with pathogenicity. Therefore, without precise identification of pathogenic strains and differentiation from commensal strains, there is no possibility of appropriate selection of targeted therapy. The widespread use of whole genome sequencing (WGS) in recent years creates new possibilities in diagnostics. Therefore, the purpose of this study was to select features defining the APEC pathotype, based on next generation sequencing (NGS), and design a diagnostic test based on selected factors. Results: A PCR diagnostic test is proposed. Three predictors of virulence were chosen according to in silico analysis: two virulence genes: iroC e hlyF, as well as one molecular marker of O78 serotype (wzx—O-antigen flippase of the O78 serotype). A choice of markers was supported by a chicken embryo model. Conclusions: Whole genome sequencing of E. coli genomes allowed for the development of a rapid diagnostic method identifying pathogenic strains for poultry: APEC. The developed test can support field observations connected with the strain isolation source and clinical symptoms of the disease.
2024
Escherichia coli é uma estirpe diversa e ubíqua de bactérias comensais e patogénicas. Neste estudo, propomos a utilização da reação em cadeia da polimerase (PCR) multiplex, utilizando a amplificação de três genes (cydA, lacY e ydiV), como método para determinar a afiliação das estirpes testadas ao grupo E. coli espécies. A novidade do método reside no pequeno número de passos necessários para efetuar o diagnóstico e, consequentemente, no pequeno período de tempo necessário para o obter. Este método, como qualquer outro, tem algumas limitações, mas a sua vantagem é a identificação rápida, barata e fiável da presença de E. coli. Sequências dos genes indicados a partir de 1.171 genes completos E. coli da base de dados NCBI foram utilizados para preparar os primers. A PCR multiplex desenvolvida foi testada em 47.370 diferentes Enterobacteriaceae genomas utilizando in silico PCR. A sensibilidade e a especificidade do teste desenvolvido foram de 95,76% e 99,49%, respetivamente. As análises em laboratório húmido confirmaram a elevada especificidade, repetibilidade, reprodutibilidade e fiabilidade do teste proposto. Devido à deteção de três genes, este método é muito económico e eficaz em termos de mão de obra, mas continua a ser altamente preciso, específico e sensível em comparação com métodos semelhantes.
A mastite é uma doença comum da glândula mamária do gado leiteiro causada por uma vasta gama de organismos, incluindo bactérias, fungos e algas. A mastite contribui para as perdas económicas das explorações leiteiras devido à redução da produção e à má qualidade do leite. Uma vez que a identificação correta dos agentes patogénicos responsáveis pelo desenvolvimento da mastite é crucial para o sucesso do tratamento, é necessário desenvolver um teste rápido e preciso para distinguir os principais agentes patogénicos que causam esta doença. Neste artigo, descrevemos o desenvolvimento de um teste baseado no método de reação em cadeia da polimerase (PCR) multiplex que permite a identificação de Streptococcus agalactiae, Streptococcus dysgalactiae, Streptococcus uberis e Staphylococcus aureus. Ao criar o nosso teste, baseámo-nos nos resultados da sequenciação de nova geração (NGS) para determinar com precisão a afiliação das espécies. O teste PCR multiplex foi verificado em 100 estirpes, incluindo amostras veterinárias, ATCC e estirpes de referência da Coleção Polaca de Microrganismos (PCM). Os resultados obtidos indicam que este teste é exato e apresenta uma elevada especificidade. Pode servir como uma ferramenta molecular valiosa para a deteção dos principais agentes patogénicos da mastite.
Os estudos sobre a terapia com fagos demonstraram um efeito protetor global dos fagos nas infecções bacterianas, proporcionando assim uma perspetiva otimista sobre os benefícios futuros das tecnologias baseadas em fagos para o tratamento de doenças bacterianas. No entanto, o efeito terapêutico é altamente afetado pela composição adequada dos cocktails de fagos. A abordagem racional para a conceção de cocktails de bacteriófagos, que é o tema deste estudo, permitiu o desenvolvimento de uma solução anti-mastite eficaz, composta por bacteriófagos virulentos que actuam sobre Escherichia coli e Staphylococcus aureus. Com base na caraterização bioinformática aprofundada dos bacteriófagos e na sua avaliação in vitro, o cocktail de cinco fagos contra E. coli e três contra S. aureus foi composta. Os seus testes na experiência do modelo do leite revelaram uma redução no número de S. aureus de 45% e 30% para E. coli e no estudo da prevenção de biofilme, demonstrou a inibição da formação de biofilme pelo 99% em todas as estirpes testadas S. aureus estirpes e um mínimo de 50% para 50% de E. coli estirpes. Estes conhecimentos justificam a necessidade de conceber racionalmente cocktails para a terapia com fagos e indicam o potencial do cocktail desenvolvido para o tratamento de animais doentes, mas tal requer mais investigações para avaliar a sua eficácia in vivo.
Pseudomonas aeruginosa é um agente patogénico que causa infecções em animais e humanos, com implicações veterinárias que incluem infecções dos ouvidos em cães, doenças respiratórias em gatos e mastite em ruminantes. Nos seres humanos, causa infecções hospitalares graves, particularmente em doentes imunodeprimidos. Este estudo teve como objetivo identificar e avaliar a prevalência de factores de virulência específicos em Pseudomonas aeruginosa isolados. Métodos: Analisámos 98 Pseudomonas aeruginosa isolados de várias amostras de animais (cães, gatos, ruminantes, aves) do nordeste da Polónia em 2019-2022 para genes relacionados com a virulência (toxA, exoU, exoT, exoS, lasB, plcN, plcH, pldA, aprA, gacA, algD, pelA, endA e oprF) por PCR e avaliaram a formação de biofilme às 48 e 72 h. A diversidade genómica foi avaliada por ERIC-PCR. Resultados: Os resultados obtidos mostraram que todas as estirpes albergavam os genes pelA (100%), enquanto a prevalência mais baixa foi encontrada para o gene pldA (24%) e exoU (36%). Independentemente da espécie animal, a forte capacidade de formação de biofilme foi predominante entre as estirpes após 48 h (75%) e 72 h (74%). Obtivemos 87 perfis de genotipagem diferentes, sendo que o dominante foi o perfil ERIC-48, observado em quatro estirpes. Conclusões: Não foi encontrada correlação entre a presença ou ausência de determinados genes e a natureza da infeção. Da mesma forma, não foi encontrada correlação entre os genes formadores de biofilme e a força do biofilme. A elevada diversidade genética indica desafios para uma prevenção eficaz, sublinhando a necessidade de monitorização e investigação contínuas.
2022
Os testes de esfregaço e RT-qPCR continuam a ser o padrão de ouro para o diagnóstico de infecções por SARS-CoV-2. Estes testes são dispendiosos e têm um rendimento limitado. Desenvolvemos um teste RT-qPCR de 3 genes, seminested, com deteção baseada em SYBR green, concebido para ser demasiado sensível e não demasiado específico para o diagnóstico de alto rendimento das populações. Esta abordagem de dois níveis depende da auto-coleção descentralizada de amostras de saliva, agrupamento, teste de 1º nível com teste de rastreio altamente sensível e subsequente teste de 2º nível de amostras individuais de agrupamentos positivos com o teste IVD. O teste de despistagem foi capaz de detetar cinco cópias do genoma viral em 10 µl de ARN isolado com uma probabilidade de 50% e 18,8 cópias com uma probabilidade de 95%, tendo atingido valores de Ct que eram altamente dependentes da concentração de ARN de forma linear. Na comparação lado a lado, o teste de rastreio obteve resultados ligeiramente melhores do que o teste de diagnóstico RT-qPCR DiaPlexQ com certificação IVD disponível no mercado (especificidade de 100% e sensibilidade de 89,8% vs. 100% e 73,5%, respetivamente). O teste de 1475 amostras clínicas individuais agrupadas em 374 grupos de quatro revelou 0,8% de grupos de falsos positivos e nenhum grupo de falsos negativos. Em testes profilácticos semanais de 113 pessoas num período de 6 meses, uma abordagem de teste de dois níveis permitiu a deteção de 18 indivíduos infectados, incluindo vários indivíduos assintomáticos, com um custo substancialmente mais baixo do que o teste RT-PCR individual.
A mastite bovina é uma doença comum em todo o mundo, e os estafilococos são um dos factores etiológicos mais importantes desta doença. Staphylococcus aureus apresentam adaptabilidade a novas condições, pelo que a monitorização dos seus mecanismos de virulência e de resistência a antibióticos é extremamente importante, pois pode levar ao desenvolvimento de novas terapias e programas de prevenção. Neste estudo, analisámos Staphylococcus aureus (n = 28) obtidas de bovinos leiteiros com mastite subclínica na Polónia. A sensibilidade das estirpes isoladas aos antibióticos foi confirmada pelo método de difusão em disco. Além disso, foram determinados os valores da concentração inibitória mínima para a vancomicina, a cefoxitina e a oxacilina. A genotipagem foi efectuada por dois métodos: PCR melting profile e MLVF-PCR (multiple-locus variable-number tandem-repeat fingerprinting). Além disso, a presença de genes de resistência a antibióticos e de virulência foi verificada através de reacções de PCR. As estirpes analisadas apresentaram maior resistência à penicilina (57%), oxitetraciclina (25%) e tetraciclina (18%). Entre os estafilococos analisados, foi confirmada a presença de 9 dos 15 genes selecionados relacionados com a virulência, dos quais o icaD, clfB e mar foram confirmados em todos os estafilococos. O biofilme foi observado na grande maioria das bactérias analisadas (pelo menos 70%). No caso da genotipagem entre os estafilococos analisados (análise combinada dos resultados de dois métodos), foram distinguidos 14 padrões, dos quais o tipo 2 foi o dominante (n = 10). Este estudo fornece novos dados que realçam a importância da dominância do biofilme sobre a resistência aos antibióticos entre as estirpes analisadas.
2021
Salmonela (salmonelose) representam sérios riscos para a saúde humana, geralmente através da contaminação da cadeia alimentar. Este agente patogénico de origem alimentar causa grandes perdas de alimentos e doenças humanas, com impactos económicos significativos. A utilização excessiva de antibióticos na indústria alimentar conduziu a estirpes de bactérias multirresistentes e os governos estão agora a restringir a sua utilização, levando a indústria alimentar a procurar alternativas para proteger as cadeias alimentares. Os bacteriófagos, vírus que infectam e matam bactérias, estão atualmente a ser investigados e utilizados como tratamentos de substituição e profilácticos devido à sua especificidade e eficácia. São geralmente considerados como alternativas seguras aos antibióticos, uma vez que são componentes naturais do ecossistema. No entanto, quando utilizados especificamente na indústria, podem também chegar aos seres humanos através da nossa cadeia alimentar ou da exposição, como é o caso dos antibióticos. Em particular, os trabalhadores agrícolas podem ser repetidamente expostos a bacteriófagos suplementados em alimentos para animais. Tanto quanto sabemos, não há estudos que tenham investigado os efeitos dessa exposição a bacteriófagos no microbioma intestinal humano. Neste estudo, utilizámos um novo ensaio in-vitro denominado RapidAIM para investigar o efeito de uma mistura de bacteriófagos, BAFASAL®, utilizada na avicultura em cinco microbiomas intestinais humanos individuais. As análises multiómicas, incluindo a sequenciação do gene 16S rRNA e a metaproteómica, revelaram que a composição e a função do microbiota intestinal humano ex-vivo não foram afectadas pelo tratamento com BAFASAL®, fornecendo uma medida adicional para a sua segurança. Devido ao papel crítico do microbioma intestinal na saúde humana e ao papel conhecido dos bacteriófagos na regulação da composição e da função do microbioma, sugerimos que avalie o impacto dos cocktails de bacteriófagos no microbioma intestinal humano como parte da sua avaliação de segurança.
2020
Os probióticos são considerados uma alternativa aos antibióticos na prevenção e tratamento de Salmonela doenças nas aves de capoeira. No entanto, para utilizar probióticos tal como proposto acima, é necessário avaliar as suas propriedades em pormenor e selecionar as estirpes bacterianas mais eficazes na aplicação visada. Neste estudo, as propriedades probióticas de novos Lactobacilos sp. foram investigadas e a sua atividade antimicrobiana contra 125 estirpes ambientais de Salmonela sp. foi determinada utilizando o método da placa de ágar. Além disso, foi investigada a sua sobrevivência na presença de sais biliares e a um pH baixo, a suscetibilidade aos antibióticos, a capacidade de agregação e coagregação, a aderência às células de poliestireno e Caco-2 e a citotoxicidade. Cada estirpe testada mostrou atividade antagonista contra, pelo menos, 96% das bactérias ambientais Salmonela sp., representando assim uma coleção de isolados de aves de capoeira altamente diferenciada do ponto de vista epidemiológico. Além disso, as propriedades probióticas das novas Lactobacilos são promissoras. Por conseguinte, todas as estirpes examinadas revelaram um elevado potencial para utilização em aves de capoeira contra a salmonelose.
A terapia fágica, uma alternativa promissora ao tratamento antimicrobiano de doenças bacterianas, está a tornar-se cada vez mais popular, especialmente devido à crescente consciencialização da resistência aos antibióticos e às restrições ao seu uso. Nos últimos anos, observámos uma tendência crescente da aplicação de bacteriófagos na aquicultura, que todos os anos regista perdas elevadas devido a doenças bacterianas. Esta revisão fornece uma atualização do estado da terapia com bacteriófagos para o tratamento e prevenção de infecções no ambiente aquático. Dado que ainda se encontra, na sua maioria, em fase científica, existem alguns constrangimentos que podem impedir uma terapia eficaz. Assim, foram descritas as caraterísticas específicas dos bacteriófagos que podem atuar a favor ou contra o sucesso da sua utilização no tratamento. Salientámos aspectos que devem ser considerados: especificidade dos fagos, resistência bacteriana, segurança, resposta imunitária do organismo hospedeiro, formulação, administração e estabilidade das preparações de fagos, bem como a influência dos bacteriófagos no ambiente. O maior desafio a ultrapassar é encontrar o equilíbrio correto entre as caraterísticas desejadas e problemáticas dos bacteriófagos. Por último, os fabricantes de bacteriófagos podem deparar-se com desafios em termos de aprovação regulamentar. Apesar de existirem ainda alguns constrangimentos técnicos relacionados com a utilização global da terapia com bacteriófagos, concluiu-se que esta pode ser aplicada com sucesso na aquacultura.
A suplementação de alimentos para animais com bacteriófagos activos contra agentes patogénicos bacterianos animais pode ser uma excelente forma de influenciar ligeiramente a qualidade dos alimentos e o estado de saúde da criação de animais. Foram utilizados polissacáridos para imobilizar culturas biologicamente activas, tendo sido escolhida a técnica de secagem a baixa temperatura sob pressão atmosférica para manter a atividade microbiológica. O material seco periodicamente tinha a forma de esferas com um diâmetro inicial de 3 mm e um teor de humidade de 97%. A concentração inicial média de bacteriófagos de Siphoviridae foi de 1×108 PFU/g (unidades formadoras de placas por grama). Os testes de secagem foram efectuados a temperaturas entre -10°C e 30°C. A atividade dos bacteriófagos foi verificada antes e depois da secagem, através da contagem por ensaio de placa de sobreposição de ágar duplo.
IDS'2020 - 22º Simpósio Internacional de Secagem Worcester, Massachusetts, EUA
28 de junho - 1 de julho de 2020
Os bacteriófagos são predadores bacterianos que, atualmente, suscitam grande interesse face ao fenómeno global da resistência antimicrobiana. As preparações de bacteriófagos parecem ser uma alternativa aos antibióticos, que podem ser utilizados a todos os níveis da cadeia de produção alimentar. A sua segurança e eficácia são, no entanto, motivo de preocupação para o público. Neste estudo, foi efectuada uma avaliação detalhada da preparação BAFASAL®. O BAFASAL® é um cocktail de bacteriófagos que reduz Salmonela na criação de aves de capoeira. Os estudos de toxicidade aguda e sub-crónica in vivo em ratos e o estudo de tolerância em animais-alvo (frangos de carne), realizados de acordo com as GLP e as diretrizes da OCDE, não revelaram quaisquer sinais de toxicidade que pudessem estar associados à administração de BAFASAL®. Além disso, não foram observadas evidências de genotoxicidade. O estudo de tolerância com uma dose concentrada de 100 vezes também não revelou diferenças estatisticamente significativas nos parâmetros avaliados. O ensaio de cultura in vitro, imitando as condições normais de armazenamento e aplicação de ração, mostrou que o BAFASAL® reduziu o número de Salmonela bactérias em alimentos experimentalmente contaminados. Além disso, foram observadas reduções em todas as formas examinadas (líquido, pó, spray). Além disso, o estudo de eficácia in vivo mostrou que o tratamento com BAFASAL® diminuiu significativamente Salmonela em cecos de aves infectadas com Salmonela Enteritidis. O exame pormenorizado do BAFASAL® em termos de segurança e eficácia vem juntar-se ao conjunto de provas de que os bacteriófagos são inofensivos para os animais e eficazes na luta contra as bactérias.
A salmonelose é uma das doenças bacterianas mais importantes nos pombos. Este estudo teve como objetivo estimar a prevalência de Salmonela spp. em pombos domésticos (Columba livia f. domestica) na Polónia, a sua suscetibilidade antimicrobiana (tanto fenotípica como genotípica) e a sua capacidade de formação de biofilme. Foi também investigada a presença de genes de virulência selecionados, a homologia nucleotídica de genes selecionados e a suscetibilidade a bacteriófagos. Dos 585 pombos testados, 5.47% foram positivos. Todas as estirpes isoladas foram reconhecidas como Salmonella enterica ser. Typhimurium. Os pombos assintomáticos eram portadores de 37,5% dos isolados. As variantes dominantes foram as seguintes: 1,4,[5],12,:i:1,2 (53,13%) e 1,4,[5],12,:-:- (31,25%). A maioria das estirpes analisadas mostrou a capacidade de produzir biofilme após 24 e 48 horas de incubação (59,38% e 53,13%, respetivamente). Mais de 90% das estirpes foram confirmadas para lpfA, agafA, invA, sivHe avrA genes de virulência. Além disso, dos treze genes de suscetibilidade antimicrobiana, foram confirmados os seguintes: sul1, tet(A), blaTEM-1, floR, strAe strB. Os mais comuns foram os strB (18%) e tet(A) (12%) que são responsáveis pela codificação da resistência aos aminoglicosídeos e às tetraciclinas, respetivamente. A maioria das estirpes era fenotipicamente resistente à oxitetraciclina (46,88%), à neomicina (53,13%) e à tilosina (100%). A suscetibilidade das estirpes investigadas Salmonela A similaridade genética das estirpes com os bacteriófagos situou-se entre 33% e 100%. As análises MLST, PCR MP e ERIC PCR indicaram uma semelhança genética muito elevada entre as estirpes investigadas (mais de 99%). Os resultados do nosso estudo indicam que Salmonella enterica ser. Typhimurium continua a ser um agente importante nos pombos domésticos e que a sua resistência antimicrobiana está a aumentar. Alarmante é também a confirmação de uma variante monofásica 1,4,[5],12:i,-, que pode ter aumentado a virulência e a resistência a múltiplos medicamentos codificada no plasmídeo. Mais importante ainda, porém, é o facto de essas estirpes terem sido isoladas de seres humanos com sintomas clínicos de Salmonela infeção.
2019
A aquicultura é o sector da produção alimentar que regista o crescimento mais rápido em todo o mundo. No entanto, uma das principais razões que limitam a sua eficácia são as doenças infecciosas dos organismos aquáticos, que resultam em grandes perdas económicas. O combate a essas infecções com quimioterapia é normalmente utilizado como tratamento rápido e eficaz. No entanto, o aumento da resistência aos antibióticos está a limitar a sua eficácia e a criar problemas de segurança ambiental e humana devido à sua aplicação maciça no ambiente aquático. Os bacteriófagos são uma solução alternativa que pode ser considerada para proteger os peixes contra agentes patogénicos, minimizando os efeitos secundários para o ambiente e para os seres humanos. Os bacteriófagos matam as bactérias através de mecanismos diferentes dos antibióticos, pelo que se enquadram perfeitamente no conceito de "novo modo de ação" desejado para todos os novos agentes antibacterianos.
A pesca em águas interiores pertence aos sectores da produção animal que utilizam quantidades muito elevadas de quimioterápicos, em especial antibióticos. A acumulação de agentes quimioterapêuticos nos sedimentos de fundo constitui uma ameaça direta para o ambiente aquático e afecta diretamente o estado e a saúde dos peixes. Encontrar uma preparação que possa ser utilizada tanto profilaticamente para aumentar a resistência dos peixes como terapeuticamente em caso de infeção por bactérias patogénicas, sem efeitos secundários para os peixes e para o ambiente aquático, poderia ser uma grande solução para este problema. O nosso objetivo foi determinar a influência de BAFADOR®, a nova preparação à base de bacteriófagos, na imunidade e sobrevivência da enguia europeia após um desafio experimental. A aplicação de BAFADOR® aumentou o nível de proteínas totais, o nível de imunoglobulinas, a atividade da lisozima e o nível de ceruloplasmina no soro da enguia europeia. A atividade potencial de morte e a atividade metabólica dos fagócitos do baço, bem como a proliferação de linfócitos pronefros, foram mais elevadas em comparação com o controlo. A preparação também reduziu a mortalidade após infecções experimentais com as bactérias patogénicas Aeromonas hydrophila e Pseudomonas fluorescens. Os nossos resultados mostraram que a preparação BAFADOR® é bem tolerada pelo organismo do peixe, provocando a estimulação dos parâmetros de imunidade celular e humoral e reduzindo a mortalidade da enguia europeia após um desafio experimental.
Recentemente, tem-se observado um rápido aumento da resistência das bactérias patogénicas aos antibióticos e quimioterápicos admitidos para utilização em aquacultura. Este fenómeno é particularmente frequente nas criações intensivas. A utilização de medicamentos em circuitos fechados é problemática porque pode danificar os filtros biológicos. Por isso, nos últimos anos, tem havido um interesse crescente nos métodos naturais de combate aos agentes patogénicos. Estes incluem os bacteriófagos. O objetivo do estudo foi determinar a segurança da nova preparação à base de bacteriófagos BAFADOR®, o seu efeito em parâmetros imunológicos selecionados e a eficácia da utilização profiláctica e terapêutica após infecções experimentais com bactérias patogénicas Aeromonas hydrophila e Pseudomonas fluorescens. A utilização de BAFADOR® aumentou a atividade da lisozima, o nível de proteína total e o nível de imunoglobulina. O nível de ceruloplasmina no soro da truta arco-íris permaneceu inalterado, independentemente da via de administração da preparação. A atividade potencial de morte e a atividade metabólica dos fagócitos do baço e a proliferação dos linfócitos do pronefro foram mais elevadas em comparação com o grupo de controlo. Tanto a aplicação terapêutica como a profiláctica da preparação após a infeção experimental mista de A. hydrophila e P. fluorescens limitou a mortalidade da truta arco-íris.
2017
Introdução: A colibacilose, a doença mais comum das aves de capoeira, é causada principalmente por agentes patogénicos aviários Escherichia coli (APEC). No entanto, até à data, não foi estabelecido um padrão para a base molecular da patogenicidade destas bactérias de forma incontestável. Neste estudo, os genomas das APEC foram investigados para atribuir importância e explorar a distribuição de 16 genes reconhecidos como os seus factores de virulência.
Material e métodos: Um total de 14 agentes patogénicos para as aves de capoeira E. coli As estirpes foram isoladas e o seu ADN foi sequenciado, montado de novoe anotadas. As sequências de aminoácidos destas bactérias e outras 16 sequências de aminoácidos APEC disponíveis gratuitamente foram analisadas com a ferramenta DIFFIND para definir os seus factores de virulência.
Resultados: A ferramenta DIFFIND permitiu uma avaliação rápida, fiável e conveniente das diferenças entre sequências de aminoácidos comparadas de genomas bacterianos. A presença de 16 sequências de proteínas indicadas como factores de patogenicidade em aves de capoeira resultou na geração de um mapa de calor que categoriza os genomas em termos da existência e semelhança das sequências de proteínas analisadas.
Conclusão: O método proposto de deteção de factores de virulência utilizando as capacidades da ferramenta DIFFIND pode ser útil na análise de semelhanças de E. coli e outras sequências provenientes de bactérias. A análise filogenética resultou numa segregação fiável de 30 estirpes APEC em cinco grupos principais contendo vários genes associados à virulência (VAGs).
2016
Infecções do trato urinário (ITU) causadas por P. mirabilis são difíceis de curar devido à crescente resistência antimicrobiana destas bactérias. A terapia fágica é proposta como um tratamento alternativo da infeção. O objetivo deste estudo foi isolar e diferenciar bactérias uropatogénicas P. mirabilis bacteriófagos polivalentes específicos de estirpes que produzem despolimerases de polissacáridos (PDs). Foram obtidos 51 fagos específicos. As placas de 29 bacteriófagos estavam rodeadas por halos, o que indicava que produziam PDs. A análise da gama de hospedeiros mostrou que, com exceção dos fagos 58B e 58C, os perfis da gama de hospedeiros dos fagos diferiam uns dos outros. Os fagos 35 e 45 infectaram todos os P. mirabilis estirpes testadas. Outros 10 fagos lisaram mais de 90% de isolados. Entre estes fagos, 65A, 70, 66 e 66A causaram uma lise completa do relvado bacteriano formado por 62% a 78% de estirpes. Além disso, os fagos 39A e 70 provavelmente produziram PDs. A análise do polimorfismo do comprimento dos fragmentos de restrição do ADN dos fagos (RFLP) demonstrou que os genomas de 51 fagos isolados representavam 34 perfis de restrição diferentes. O ADN do fago 58A parecia ser resistente à endonuclease EcoRV selecionada. Os 33 perfis RFLP-EcoRV apresentaram um índice de semelhança Dice de 38,8%. 22 padrões RFLP foram obtidos a partir de isolados de um único fago. Os restantes 12 perfis de restrição eram constituídos por 2 a 4 vírus. Os resultados obtidos a partir da caraterização de fagos com base no padrão de gama de hospedeiros de fagos em combinação com o método RFLP permitiram a diferenciação eficaz dos fagos estudados e a seleção de fagos polivalentes produtores de PD para estudo posterior.
2015
Antecedentes: A salmonelose é motivo de grande preocupação económica em todas as fases da indústria avícola, desde a produção até à comercialização, conduzindo a graves perdas económicas. A monitorização da fonte de contaminação bacteriana tem uma importância fundamental na propagação da salmonelose.
Resultados: Aplicámos um método de PCR mediado por ligação, o PCR MP (PCR melting profile), para o tipo S. enterica ssp. entérica ser. Enteritidis (56 estirpes) e 43 estirpes de controlo classificadas como outros serovares isolados de aves de capoeira. Demonstrámos o potencial da PCR MP para a monitorização da propagação da salmonelose. O nosso teste rápido apresenta um poder discriminatório mais elevado (0,939 vs. 0,608) em comparação com a atual ferramenta de subtipagem molecular, como a eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE), cuja ineficácia se deve ao elevado grau de clonalidade de S. Enteritidis.
Conclusões: A PCR MP foi considerada um método altamente discriminatório, sensível e específico que pode ser uma ferramenta molecular valiosa, particularmente para analisar ligações epidemiológicas de um número limitado de S. enterica ser. Enteritidis.